壞菌之所以壞，一方面是它們會使腸道環境偏鹼性，因而抑制好菌生長。另一方面則是因為它們真的是壞—它們會產生很多有毒物質。
壞菌會分解蛋白質產生吲哚、酚類、亞胺……等，這些已經被明確證明是強烈的致癌物質。這些物質平常是要送到肝臟解毒的，但是如果因為濃度太高，或者肝功能不好，便無法完全解毒，問題就大了。例如：亞胺若不完全解毒，會在腸道內和亞硝酸鹽作用，轉成致癌性更強的亞硝酸胺。
這些毒素也會引起發炎反應，促進胃酸過度分泌，引起胃潰瘍。所以，肝硬化患者容易得到胃潰瘍、十二指腸潰瘍，就是亞胺類物質在作怪。
氨氣也是壞菌分解蛋白質的惡臭產物，如果腸道壞菌佔優勢，氨氣產生太多，肝臟解毒不了時，長期而言，會加速人體老化，促進癌化。若是發生急性症狀，氨會進入腦子裡，引起肝性腦病變，導致意志不清，甚至陷入昏睡。
腸道壞菌還包括一些由外面入侵的病原菌，像可怕的病原性大腸菌O157、腸炎弧菌、沙門氏菌……等。這些病菌不時就會侵入腸道，而且可能在腸道壞菌掩護下，長期潛伏在腸道之中，只要腸道健康惡化，好菌勢力衰退時，這些病菌就會立刻開始繁殖，伺機作亂。
好菌之所以好，一方面是它們會保持腸道健康狀況，產生乳酸、醋酸……等，使腸道環境偏酸，抑制壞菌及可能侵入或潛伏的病菌生長，這幾種酸也會促進腸道蠕動，幫助排便；另一方面，也是因為它們真的是好，它們表現各種各樣的益生保健功效，包括促進免疫，降低腸道毒素……等。
另外，最令營養學家稱道的就是，腸道好菌會分泌B1、B2、B6、B12、E、K、泛酸、葉酸……等多種維生素。也許您以為我們所需要的維生素，只要由食物中攝取就可以，那您就大錯特錯了。沒有腸道乳酸菌幫忙，我們絕對會維生素不足。
這也就是為何母乳中的維生素B群量雖然不太多，可是剛出生的嬰兒卻不會B群不足的原因，這都要歸功於腸道中的乳酸菌。當嬰孩便便中的乳酸菌數目高時，血液及尿液中的維生素B濃度也會相對提高。
《腸命百歲》
