全國高中以下各級學校於9月1日開學，臺北市府於30日防疫記者會上公布各級校園防疫指引SOP。臺北市長柯文哲表示，北市高中以下各級學校(含幼兒園)的學生高達28萬人，開學就代表將開始大規模的人流接觸，因此北市府以戒慎恐懼的態度，做好相關的準備。
柯文哲市長說明，原則上大型的集會活動如校外教學、校際串聯都暫不解封，採線上辦理，先觀察到9月30日再說。尊重學生請防疫假，以二週為原則，不會列入出勤紀錄。為了讓學生擁有線上學習能力，臺北市學校即使是實體上課，也要每週抽半天或每二週抽一天來訓練學生進行遠距教學模式，尤其是嘗試做遠距開會或上課，讓學生從小培養使用現代化資通訊產品的能力。
至於防疫隔板的使用時機，柯文哲市長提出最新的國外論文研究，如果未適當使用隔板，反而會增加感染的風險。因此各校在使用隔板時，一定要正確使用，包括平常上課不用隔板，只有用餐時才拿出來使用，並保持通風；用餐完要用酒精消毒好再晾乾收起來。
北市教育局曾燦金局長表示，學校開學的相關防疫指引、專案指引和SOP都已發布到各校和幼兒園，其中有關學前幼兒用餐後潔牙的問題，教育局有條件同意，但須考量幼兒園洗手台設置情形，並採取分流和保持社交距離的方式為之。如果幼兒園的洗手台較少，在取得家長同意下，搭配隔板，用開水嗽口，以減少飛沫交叉傳染的機會。
9月1日小一新生開學，當天不開放家長陪同，會有專人引導，新生和在校生也會採分時段、分流方式入校。國小課後照顧部分會繼續辦理，但10月底前暫緩非屬必要的校外人士要入校入班教學。音樂、科學、運動、家政等課程，以及用餐規定，也都已訂定了SOP，要求學校落實執行。
至於特教教育部分，如需侵入性醫療學生需要近身教學時，可加佩戴透明面罩及手套。若無法佩戴口罩學生，會透過逐漸減敏感法方式引導學生，逐步建立佩戴口罩習慣。視障學生線上教學會預先提供教材文字電子檔，以點字或報讀設備摸讀、聽取教材內容或將放大電子檔。聽障學生線上教學則開啟鏡頭保持口型清晰及正常語速，搭配文字或視覺化材料呈現，影片應搭配字幕。
