教育部公布9月1號開學包含防疫整備工作、服務及入校條件、個人衛生防疫等開學各項防疫強化作為。關於開學後家長想幫孩子請「防疫假」，教育部表示，學校會做好嚴謹的防疫措施，但若孩子有需求，不會列入出缺席紀錄。
教育部部長潘文忠表示，國內自5月19號全面停課，家長、老師、學生都很辛苦，目前國內疫情處於二級警戒，這部分除了跟各縣市政府學校做好防疫準備，環境清消，提供學生安全環境，9月1號開學後，若家長有特殊考量，會比照疫情期間相關請假事宜，家長也可以放心。
另外，多個地方政府已公布開學指引，媒體問到，若跟教育部有矛盾之處，是否有需要修正？且以停課標準為例，有縣市學校發現一例確診就停課、有的是兩例，有無必要全國統一？
教育部主任秘書廖興國表示，停課標準要依「校園因應嚴重特殊傳染性肺炎（武漢肺炎）疫情停課標準」處理，也就是高中以下學校若1班有1位師生確診，該班停課；1校有2位以上師生確診，該校停課；1鄉鎮市區有3分之1學校全校停課，該鄉鎮市區停課。
若校園中發現疑似確診或疑似高風險個案，主秘廖興國表示，各縣市政府可視需求預防性停課。至於若各縣市開學指引與教育部不同，各縣市政府可依據教育部的指引作為基礎，訂定更嚴格的規定來因應。
