希臘醫學祖師希波拉底早就提出「萬病起於腸」的概念。消化道、呼吸道、皮膚都是人體和外界接觸的介面，其中又以腸道的任務最繁重。腸道微生態對健康的重要性如今已愈來愈受肯定，良好的腸道微生態需要益生菌和益生元的共同維持(後者是前者的糧食)。
以腸道微生態平衡的觀念來說，益生菌可以抑制壞菌，對腸胃炎、細菌性陰道炎、妊娠糖尿病、過敏性皮膚炎等都有效，但益生菌的種類太多了，並非全部安全。
那麼懷孕及哺乳時，該怎樣攝取益生菌呢？除了直接購買益生菌，也可以透過飲食來攝取，如優酪乳、味噌、一些果汁及豆類飲料。益生元則來自洋蔥、香蕉、蘆筍、大豆和燕麥。
懷孕時若服用益生菌，會在陰道分娩的過程中傳給新生兒，協助新生兒的免疫、消化、神經系統發展。益生菌不太會轉移到母乳中，新生兒出生後若接受益生菌治療也不應嚐新，也不要攝取過多，益生菌畢竟也是細菌。
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