子宮內膜異位組織如果長在神經末梢或特定器官會產生的症狀，典型症狀有3D：1. Dysmenorrhea（經痛）2. Diarrhea（腹瀉）3. Dyspareunia（性交疼痛）靠近坐骨神經的子宮內膜異位組織也許會造成背痛，在子宮表面的子宮內膜異位則大多沒有症狀。但有25~30%的子宮內膜異位患者是完全沒有症狀的。
常見症狀如下：
經痛
子宮內膜異位患者的最常見症狀是月經痛，經痛表示經血流出困難，婦科醫師所謂的「原發性經痛」是指沒有明顯器官病變的骨盆疼痛，而子宮內膜異位引起「繼發性經痛」。
子宮內膜異位引起的經痛，往往是月經來時疼痛兩、三天以上，甚至從頭痛到尾，甚至未來經之前即開始痛，而且有一年比一年痛的趨勢。
性交疼痛
性交疼痛表示在性交時疼痛或有困難，也是子宮內膜異位患者的常見症狀之一。性交疼痛通常是由於在子宮下端的子宮薦椎韌帶，以及後方一個稱做「道格拉斯陷凹（Douglaus pouch，又稱子宮直腸陷凹）的地方（亦即子宮後壁與直腸之間）有子宮內膜異位，這會造成性交時疼痛，原因可能是陰道深部的撞擊疼痛。如遇到這種情形，可請對方避免太過深入，以免造成子宮及異位的內膜陷入直接受到撞擊的位置。
背痛
道格拉斯陷凹有子宮內膜異位也會造成經期背痛，子宮內膜異位會與子宮同步在經期產生經血，而這些血卻沒有排出的途徑。患者大多抱怨當她站立時就感到背痛，因此，當這種背痛在月經時期發生，就該懷疑有子宮內膜異位症。
排便疼痛、便血、經期腹瀉或排便次數增加
月經期間腹瀉、排便疼痛或便血可能意味著子宮內膜異位症。長在腸道或直腸上的子宮內膜異位會出現這些症狀。
不孕
25~40%的不孕婦女有子宮內膜異位症，除了經痛之外，不孕是子宮內膜異位症的症狀中最需治療的，也是對子宮內膜異位的相關研究最多的。根據統計：有30~50%的子宮內膜異位症患者會發生不孕症，相對的，在所有的人口中，只有15%的人有不孕症的困擾，顯示子宮內膜異位症造成不孕的機率是一般人的二至三倍。更重要的是，年齡大於25歲的婦女，罹患不孕症最大的原因即子宮內膜異位症。
經期不規則
經血過多、經期過長（超過七天以上）、常伴有子宮肌腺症（Adenomyosis），也就是子宮內膜異位侵犯子宮肌層，這些症狀又因每個人的月經周期不同而更形複雜。
其他症狀
例如，腸胃道不適、周期性的下腹不適，也可能是子宮內膜異位症的症狀，容易被忽視。
